La incapacidad por enfermedad general la paga el empleador los 2 primeros días al 100% del salario, y la EPS desde el día 3 al 66,67% del Ingreso Base de Cotización (o al 100% si el IBC es igual al SMMLV de $1.423.500 en 2026). Para cobrar se necesita el certificado médico de incapacidad; el plazo máximo que cubre la EPS es 180 días continuos antes de iniciar el proceso de calificación de invalidez.
La incapacidad por enfermedad general es una de las prestaciones económicas más consultadas del sistema de salud colombiano, y también una de las más problemáticas: muchos trabajadores no saben quién debe pagar cuánto ni desde cuándo. Esta guía lo explica con cifras reales de 2026 y los pasos exactos para cobrar.
¿Quién paga la incapacidad y desde cuándo?
La ley distribuye el pago entre el empleador y la EPS según el número de días de incapacidad. El marco legal es el artículo 26 del Decreto 2943 de 2013 y las disposiciones del Decreto 806 de 1998:
| Días de incapacidad | Quién paga | Porcentaje del IBC | Condición especial |
|---|---|---|---|
| Día 1 y 2 | Empleador | 100% del salario | Siempre, sin importar el IBC |
| Día 3 al 90 | EPS | 66,67% del IBC | Si IBC = SMMLV ($1.423.500), EPS paga el 100% |
| Día 91 al 180 | EPS | 66,67% del IBC | Requiere concepto de rehabilitación vigente emitido por la EPS |
| Más de 180 días | Fondo de pensiones / EPS según evaluación | 50% del IBC | Solo si hay concepto desfavorable de rehabilitación e inicio de proceso de invalidez |
Los días 1 y 2 los paga el empleador, no la EPS. Muchos empleadores intentan cobrarlos a la EPS, lo cual no corresponde. Si su empleador le descuenta esos días del salario, está violando el Decreto 2943 de 2013.
Tabla de montos de incapacidad 2026
El 66,67% del IBC equivale a dos tercios del salario mensual. El cálculo diario es: (IBC × 2/3) ÷ 30 = valor por día de incapacidad pagado por la EPS.
| IBC mensual | Pago diario EPS (66,67%) | Ejemplo: 20 días de incapacidad |
|---|---|---|
| $1.423.500 (SMMLV 2026) | $47.450/día (EPS paga 100% en este caso) | $94.900 empleador + $854.100 EPS = $949.000 |
| $2.000.000 | $44.447/día | $133.333 empleador + $800.000 EPS = $933.333 |
| $3.500.000 | $77.778/día | $233.333 empleador + $1.400.000 EPS = $1.633.333 |
| $5.000.000 | $111.111/día | $333.333 empleador + $2.000.000 EPS = $2.333.333 |
Caso real: Pedro, contador en Medellín con IBC de $2.800.000, sufrió una fractura de brazo y estuvo incapacitado 25 días. Días 1–2 (empleador): $2.800.000 ÷ 30 × 2 = $186.667. Días 3–25 (23 días, EPS al 66,67%): $2.800.000 × 2/3 ÷ 30 × 23 = $1.431.111. Total recibido: $1.617.778. Pedro cobró directamente en la sede de su EPS presentando el certificado y la cédula.
Paso a paso para cobrar la incapacidad
- Obtener el certificado médico de incapacidad en la consulta de la EPS o en la IPS. El médico diligencia el formulario oficial con el código CIE-10 del diagnóstico, los días de incapacidad y la fecha de inicio. Sin este documento, la EPS no procesa ningún pago.
- Entregar el certificado al empleador dentro de los primeros 2 días de incapacidad. Guárdese siempre copia o foto antes de entregar el original.
- El empleador radica el certificado ante la EPS junto con la planilla del período y la nómina. La EPS reembolsa al empleador los días 3 en adelante. El trabajador no gestiona este paso si tiene empleador.
- Si es independiente: radique usted mismo ante su EPS con el certificado, su cédula y el comprobante de cotización del mes anterior o del mes de inicio de la incapacidad.
- Plazo de la EPS: tiene 5 días hábiles para procesar el reembolso al empleador. Si la EPS demora, el empleador puede reclamar ante la Superintendencia de Salud. Si es usted independiente y la EPS no paga, interponga reclamación en la línea gratuita 018000 513700.
Dónde tramitar la incapacidad según su caso
| Canal | Para quién | Documentos |
|---|---|---|
| Recursos Humanos de la empresa | Empleados con contrato | Certificado original de incapacidad |
| Portal web de la EPS | Independientes con clave activa | Certificado escaneado + copia cédula |
| Sede de la EPS (ventanilla) | Independientes o empleados sin RR.HH. | Certificado original + cédula + comprobante de cotización |
| App de la EPS (Sanitas, Sura, etc.) | Afiliados con app instalada | Foto del certificado desde el celular |
Errores frecuentes al cobrar la incapacidad
- No entregar el certificado a tiempo: si el empleador no lo recibe en los primeros 2 días, puede argumentar abandono del puesto. Envíeselo de inmediato, aunque sea por foto al correo o WhatsApp del jefe.
- No guardar copia del certificado: si el empleador lo pierde, necesita el número de la incapacidad para reexpedirla en la EPS. Siempre fotografíe el certificado antes de entregar el original.
- Trabajar durante la incapacidad: si la EPS o el empleador comprueban que trabajó de forma presencial o remota durante los días incapacitados, pueden revocar el pago y sancionar el contrato.
- No reportar incapacidades cortas: las de 1 o 2 días las paga el empleador pero deben registrarse en el sistema de la EPS para el historial de salud laboral del trabajador.
Qué pasa con incapacidades de más de 180 días
Cuando la incapacidad supera los 180 días continuos, el caso entra en una zona de evaluación más compleja. A partir del día 120, la EPS debe emitir un concepto de rehabilitación: si es favorable, la EPS puede extender el pago hasta 180 días adicionales (total: 360 días). Si es desfavorable, se activa el proceso de calificación de invalidez ante la Junta Regional de Calificación de Invalidez.
Durante el proceso de calificación, el fondo de pensiones (Colpensiones o AFP privada) puede pagar una prestación del 50% del IBC mientras se define si hay derecho a pensión por invalidez. Para ello se requiere pérdida del 50% o más de la capacidad laboral y 50 semanas cotizadas en los últimos 3 años, según la Ley 860 de 2003. Consulte directamente con Colpensiones o su AFP si su situación llega a este punto.
Incapacidad y cotización a pensión: ¿se siguen pagando los aportes?
Durante una incapacidad por enfermedad general, el empleador está obligado a continuar los aportes a seguridad social (pensión, salud y ARL) sobre el IBC del trabajador. Esto significa que las semanas de incapacidad sí cuentan para el histórico de cotización a pensión. Un trabajador con 6 meses de incapacidad continua no pierde esas semanas del cómputo pensional si el empleador cumplió con los aportes.
Si el empleador suspendió los aportes durante la incapacidad, eso configura una violación adicional del contrato. El trabajador puede reclamar las semanas faltantes ante Colpensiones o su AFP con los comprobantes de la incapacidad y las fechas exactas, para que el fondo exija al empleador los aportes en mora.
Incapacidades en trabajadores con contratos temporales o en periodo de prueba
Los trabajadores con contrato a término fijo o en período de prueba tienen los mismos derechos a la incapacidad que los de contrato indefinido. La incapacidad suspende el contrato (artículo 51 del CST), pero no lo termina: el empleador no puede terminar el contrato durante la incapacidad invocando que el período de prueba o el contrato fijo venció, si la terminación coincide con la incapacidad sin otra causa objetiva. Si el contrato fijo venció mientras estaba incapacitado, consulte con un abogado laboral o con el inspector del MinTrabajo antes de aceptar la terminación.
Preguntas frecuentes sobre la incapacidad enfermedad general
¿Cuánto me pagan exactamente por una incapacidad?
Los días 1 y 2, el empleador paga el 100% del salario diario (IBC ÷ 30). Del día 3 en adelante, la EPS paga el 66,67% del IBC diario (IBC × 0,6667 ÷ 30). La excepción: si su IBC es igual al SMMLV de 2026 ($1.423.500), la EPS paga el 100% desde el día 3 para garantizar que no quede por debajo del mínimo legal. Si gana más del SMMLV, el 66,67% aplica sin excepción.
¿El empleador o la EPS paga los primeros días?
El empleador paga los días 1 y 2 al 100% del salario. La EPS paga desde el día 3. Esta distribución la establece el Decreto 2943 de 2013. Si el empleador dice que la EPS debe pagar desde el día 1, está equivocado. Si la EPS dice que el empleador paga todos los días de incapacidades cortas, también. El esquema legal es claro: 2 días el empleador, todo lo demás la EPS.
¿Los trabajadores independientes también cobran incapacidad?
Sí. Los independientes que cotizan al régimen contributivo tienen derecho a la incapacidad desde el día 3 (los días 1 y 2 no los cubre nadie, porque no hay empleador). La EPS paga el 66,67% del IBC declarado en la cotización. El independiente radica directamente ante su EPS el certificado médico, la cédula y el comprobante de cotización del mes de la incapacidad. La EPS tiene 5 días hábiles para pagar desde la radicación completa. Si el IBC declarado fue inferior al real por reducir la base de cotización, el pago de la incapacidad también será proporcionalmente menor; por eso conviene cotizar sobre el IBC real, especialmente si hay riesgo de enfermedad o accidente.
¿Qué pasa si acumulo varias incapacidades seguidas?
Las incapacidades por la misma enfermedad que ocurren de forma consecutiva —sin reincorporarse al trabajo entre una y otra— se suman como incapacidad continua y computan hacia el límite de 180 días. Las incapacidades por enfermedades diferentes o con reincorporación entre una y otra se cuentan de forma independiente. Si tiene dudas sobre el acumulado, solicite a su EPS el histórico de incapacidades con fechas y diagnósticos. Por ejemplo, si tuvo 40 días de incapacidad por lumbalgia en marzo, se reincorporó 2 semanas y luego recayó otros 30 días, el médico de la EPS debe determinar si es la misma enfermedad —en cuyo caso se suman (70 días hacia el límite de 180)— o una nueva afectación que reinicia el conteo. El diagnóstico CIE-10 en cada certificado es la clave para ese análisis.
¿El empleador puede despedirme mientras estoy incapacitado?
No directamente por la incapacidad. El artículo 26 del Código Sustantivo del Trabajo establece que la incapacidad no es justa causa de despido. Si el empleador lo despide mientras está incapacitado, el despido puede ser declarado sin justa causa y tiene derecho a la indemnización ordinaria completa. Si la incapacidad supera 180 días y hay pérdida permanente de capacidad laboral, existe la figura de desvinculación por pérdida de capacidad laboral, que requiere un proceso de calificación previo y no es un despido ordinario.
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